Un dels significats de verb aprofundir és 'estudiar a fons una cosa' o 'fer-la més profunda', tant en sentit literal com en sentit figurat. En aquest cas, aquest verb és transitiu i porta un complement directe. Per exemple:

Cal aprofundir el problema per entendre què està passant.
Quan van aprofundir la mina, van trobar restes d'una antiga civilització.
L'estudi dels àtoms ha aprofundit la nostra comprensió de la matèria.

En canvi, quan significa 'anar al fons de les coses' el verb aprofundir és intransitiu i porta un complement introduït per la preposició en. Per exemple:

La coalició ha aprofundit en la seva ideologia.

En alguns contextos, la distinció semàntica que separa els significats és molt lleu i el verb tant es pot usar transitivament com intransitivament. Per exemple

Cal aprofundir més (en) aquesta qüestió.